Preguntas Frecuentes
¿Cómo solicito mi servicio de secuenciación?
Deberás solicitar una cotización a través de este formulario. O si lo prefieres, puedes escribirnos al correo electrónicos info@secoyalabs.com
¿Cómo debo preparar y enviar mis muestras de ADN?
Todos los detalles acerca de cómo preparar y enviar tus muestras se encuentran en nuestra Guía de Preparación de Muestras.
¿Qué concentración deben tener mis muestras de ADN y qué volumen necesito enviar?
La concentración debe ser de al menos 50 ng/uL y requerimos de 25 a 40 uL de cada muestra.
¿A qué profundidad de secuenciación se entregan mis muestras?
Todas las muestras (excepto taxonomía metagenómica de comunidades) se secuencian con una profundidad de al menos 30X.
En el caso de taxonomías metagenómicas de comunidades, se entrega un mínimo de 30Mbp o 20,000 lecturas completas del gen taxonómico 16S o 50,000 lecturas de ITS. En caso de requerir de mayor profundidad, de acuerdo a la diversidad de su comunidad puede solicitar una cotización personalizada.
¿Qué pasa si necesito cancelar mi servicio de secuenciación?
Puedes cancelar tu servicio sin penalización aún después de haber aceptado la cotización correspondiente siempre y cuando la cancelación se haga antes de que hayas enviado tus muestras en nuestro laboratorio, de lo contrario, el servicio se cobrará completo.
Cualquier reembolso aplicable se realizará en una sola transacción dentro de 60 días hábiles a partir de la solicitud y se hará efectivo únicamente a la cuenta de origen de quien realizó el pago.
¿Puedo secuenciar muestras de ADN humano para fines de investigación, clínicos o diagnósticos?
En Secoya Labs NO recibimos ni procesamos muestras de ADN humano. Nuestros servicios de secuenciación NOson para uso clínico ni diagnóstico ya que nuestros servicios se limitan a propósitos de investigación académica en las diversas áreas de ciencias de la vida, excluyendo medicina o genética humana.
¿Cómo se entregan mis resultados y cuánto tardan en llegar?
Los resultados de secuenciación se entregan por correo electrónico a través de un link para descargar los archivos. Los resultados se entregan entre 5 y 15 días hábiles a partir de que las muestras llegan a nuestro laboratorio. Por motivos de Seguridad y Privacidad de los datos, el link que se incluye en el correo electrónico para descargar tus resultados tiene una expiraciónde 30 días naturales, después de los cuales ya no podrás descargarlos.
¿Qué pasa si mi muestra no tiene la concentración adecuada al llegar a su laboratorio?
Si alguna de tus muestras no tiene la pureza y concentración suficientes para ser secuenciadas, te enviaremos un email para solicitar que vuelvas a enviar tu muestra y que corrobores la integridad por medio de gel de electroforesis y confirmes la concentración.
En caso de que tu muestra tenga la concentración adecuada, pero no se hayan podido generar lecturas suficientes o de buena calidad durante el proceso de secuenciación, en Secoya Labs nos comprometemos a procesar y secuenciar dichas muestras una segunda vez sin costo alguno y entregarte los resultados de ambas corridas.
Sin embargo, en caso de que ninguna de las dos corridas de secuenciación entreguen datos satisfactorios, se asumirá que tu muestra no tiene la concentración, pureza o integridad requerida del material genético y por lo tanto, no habrá reembolso para dichas muestras.
¿Qué tipo de resultados se entregan en mi servicio?
Todos nuestros servicios se realizan con tecnología de secuenciación de lectura larga (>500 bp) por nanoporo. Por lo tanto, podemos ayudarte a secuenciar amplicones taxonómicos completos de 16S, 18S, ITS, secuenciar plásmidos completos sin necesidad de primers, o secuenciar genomas con regiones repetitivas (lo cual es un gran complemento si ya tienes secuenciación por lecturas cortas).
En todos nuestros servicios (excepto servicios personalizados) se incluye un análisis bioinformático básico de acuerdo al tipo de muestra (amplicon, genoma, plásmido).
Este análisis bioinformático es preliminar y automatizado, por lo que no es específico para cada muestra individual y no podemos garantizar que los resultados de dicho análisis preliminar son definitivos o certeros acerca de la naturaleza de la muestra. Sin embargo, puedes solicitar las lecturas crudas de tu muestra si deseas correr tu propia bioinformática una vez que recibas tus resultados.
A continuación se explican los archivos que se entregan para cada tipo de muestra secuenciada.
Plásmidos:
(Opcional, bajo solicitud del cliente) Archivos de lecturas crudas en formato .fastq
(Opcional, bajo solicitud del cliente) Histograma de la distribución de longitud de lecturas en formato .png
(Opcional, bajo solicitud del cliente) Histograma de la distribución de calidad (PHRED Q Score) de las lecturasen formato .png
Un archivo con la secuencia del plásmido en formato .fasta
Un archivo con la anotación del plásmido en formato .bed
Un archivo con la secuencia anotada del plásmido en formato .gbk
Un archivo con el mapa anotado del plásmido en formato .png
Amplicones (no taxonómicos):
(Opcional, bajo solicitud del cliente) Archivos de lecturas crudas en formato .fastq
(Opcional, bajo solicitud del cliente) Histograma de la distribución de longitud de lecturas en formato .png
(Opcional, bajo solicitud del cliente) Histograma de la distribución de calidad (PHRED Q Score) de las lecturasen formato .png
Archivo .fasta con la secuencia consenso (ensamble) de tu amplicón
Amplicones taxonómicos para genotipado (16S, 18S, ITS):
Los mismos archivos que se entregan para amplicones no taxonómicos además de un archivo .csv con el reporte de la identidad taxonómica del amplicón
Análisis de abundancia taxonómica en comunidades por medio de secuenciación de 16S, 18S o ITS:
Se entregan 30Mbp equivalentes a ~20mil lecturas del amplicón completo.
Archivos de lecturas crudas en formato .fastq
Histograma de la distribución de longitud de lecturas en formato .png
Histograma de la distribución de calidad (PHRED Q Score) de las lecturasen formato .png
Reporte interactivo en formato .html con el resumen de las especies encontradas en la comunidad
Una tabla en formato .tsv con las abundancias de cada especie encontradas en la colección de lecturas
Genomas:
Archivos de lecturas crudas en formato .fastq
Histograma de la distribución de longitud de lecturas en formato .png
Histograma de la distribución de calidad (PHRED Q Score) de las lecturasen formato .png
Un archivo con la secuencia del genoma ensamblado de novo en formato .fasta
(Genomas de bacterias solamente) Un archivo con la anotación del genoma en formato .gbk
Si nos proporcionaste un genoma bacteriano de referencia en tu solicitud, incluiremos además:
Un archivo con la cuenta de variantes con respecto a dicho genoma de referencia en un archivo de formato .vcf
Un archivo con la secuencia del genoma ensamblado con respecto al genoma de referenciaen formato .fasta
